Die St. Nikolai Kirche wurde im 12. Jahrhundert mit dem Aufbau der heutigen Neustadt errichtet. Sie war damals die zweite Kirche in Hamburg und hatte einen äußerst wichtigen Standpunkt für die gläubigen Hamburger. Im Jahre 1353 begann man die bis dahin aus Holz errichtete Kirche mit Backsteinen neu aufzubauen. Als Stil nutze man die Norddeutsche Backsteingotik, die im Norddeutschenraum zu der Zeit viel verbreitet war. Über die Jahre hinweg wurde die Kirche öfters umgebaut, verändert oder durch Naturschäden repariert und erweitert. Doch dann geschah etwas womit keiner gerechnet hätte. Bei dem großen Brand in Hamburg wurde 1842 die Nikolai Kirche komplett zerstört. Die Flammen verschlungen die Kirche als eines der ersten öffentlichen Gebäude. Die Brandkatastrophe hatte eine enormes Schlachtfeld hinterlassen. Nach dem die Flammen den Turm erreicht hatten, konnte dieser nicht mehr stand halten. Er viel in sich zusammen, so das dass Feuer auf das Kirchenschiff übergriff. Die damalige Feuerwehr hatte technisch keine Möglichkeit das Feuer einzudämmen. Somit konnte man die Kirche nicht mehr retten. lediglich eine Handvoll Kunstschätzen.
Die Hamburger waren sehr erschüttert, das Ihr Gotteshaus und einer der ältesten Kirchen Hamburgs vernichtet war. Die Hamburger waren entschlossen, die Kirche muss neu aufgebaut werden. Sie riefen zum spenden auf. In kürzester Zeit war genug Geld vorhanden um mit dem Bau zu beginnen. 1846 begannen die Bauarbeiten und waren am 27. September 1863 abgeschlossen. Den Turmbau war 1874 vollständig errichtet und hatte eine Höhe von 147 Meter.

Im Juni 1943 wurde die Kirche schwer beschädigt. Sie fiel den alliierten Bombern zum Opfer. Die Bomben zerstörten fast das ganze Kirchenschiff, bis auf die Grundmauern und dem Turm. In der Nachkriegszeit stellte sich dir Frage ob die Kirche wieder neu errichtet werden soll. Denn da wo momentan die Kirche stand wohnten kaum noch Menschen. Daher beschloss die Kirchengemeinde die "Neue" St. Nikolai Kirche in einem anderen Wohngebiet neu aufzubauen. Die Entscheidung für den Standpunkt war "Harvestehude". Hier begann man 1962 mit dem Bau. Die alte St. Nikolai Kirche wurde so weit es gehend von Trümmern befreit, so das nur noch einige Wandreste und der Turm stehen blieben. Diese Überreste der Kircheruine sollte als Mahnmal und als Zeichen des grausamen Krieges erinnern.


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